Gamta

„Natura 2000“ – tai visų laikų ambicingiausia ir didžiausio masto iniciatyva, skirta išsaugoti Europos gamtos paveldą. „Natura 2000“ yra Europos Sąjungos specialių saugomų teritorijų tinklas, kuris vienija visas Europos Sąjungos šalis, siekiant išsaugoti vertingiausias Europos natūralias gamtines buveines, augalų bei gyvūnų rūšis ir jų buveines ateities kartoms. Trakų istoriniame nacionaliniame parke yra saugomos šios visos Europos Bendrijai  svarbos teritorijos: tarpinės pelkės ir liūnai, natūralūs eutrofiniai ežerai su plūdžių arba aštrių bendrijomis, ežerai su menturdumblių bendrijomis, Natūralūs distrofiniai ežerai; aktyvios aukštapelkės, Stepinės pievos; Šienaujamos mezofitų pievos; Šaltiniai su besiformuojančiais tufais; šarmingos žemapelkės, melvenynai, plačialapių ir mišrūs miškai,  žolių turtingi eglynai,  pelkiniai miškai, Vakarų taiga; Pelkėti lapuočių miškai; Medžiais apaugusios ganyklos.

Bendras augalų rūšių skaičius – 1 324, iš jų 3 saugomos Europos Bendrijos, 42 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. 

Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 109. Žinduolių – 42, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 8 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 240, iš jų 4 saugomos Europos Bendrijos, 6 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 24, iš jų 1 saugoma Europos Bendrijos, 2 įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 17, iš jų 2 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 23, iš jų 4 saugomos Europos Bendrijos, 19 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Kultūros ir gamtos paveldo vertybėms išsaugoti Trakų istoriniame nacionaliniame parke skirti 2 kultūriniai rezervatai ir 11 draustinių (1 archeologinis, 1 urbanistinis, 1 kraštovaizdžio architektūros, 2 architektūros, 1 kraštovaizdžio, 3 hidrografiniai, 1 botaninis-zoologinis, 1 ornitologinis).
Nacionalinio parko kultūriniuose rezervatuose saugoma: Trakų salos ir pusiasalio pilių – pilių kompleksas; Senųjų Trakų piliavietės – Senoji Trakų piliavietė.
Senųjų Trakų archeologiniame draustinyje saugomos archeologinių radinių teritorijos.
Trakų senamiesčio urbanistiniame draustinyje saugoma istoriškai susiklosčiusi Trakų miesto planinė erdvinė struktūra, jos ryšio su gamtine aplinka, užstatymo elementų ir formų visuma.
Užutrakio parko kraštovaizdžio architektūros draustinyje saugoma Užutrakio buvusio dvaro sodyba su E. F. Andre sukurtu parku.
Architektūros draustiniuose saugoma: Senųjų Trakų kaimo – būdingas šiam šalies regionui gatvinis kaimas, jo planinė erdvinė struktūra, senos etnografinės sodybos, jų pastatai, želdiniai ir kiti seno kaimo elementai; Varnikėlių ir Serapiniškių kaimo – būdingi šio šalies regiono kaimai, jų planinė erdvinė struktūra, senos etnografinės sodybos, jų pastatai, želdiniai ir kiti seno kaimo elementai.
Kudrionių kraštovaizdžio draustinyje saugomas Kudrionių kraštovaizdis, Daniliškių sentikių kaimas.
Hidrografiniuose draustiniuose saugoma: Galvės ir Akmenos ežerai, lemiantys Trakų ir jų apylinkių savitumą; Bražuolės – Bražuolės upelio aukštupio hidrografinė struktūra.
Varnikų botaniniame-zoologiniame draustinyje saugomas miško ir pelkės kompleksas.
Plomėnų ornitologiniame draustinyje saugoma Plomėnų pelkė su paukščių įvairove.

Parko esminis ir vaizdingiausias gamtinis  kraštovaizdžio elementas ir vertybė  yra ežerai, jų įvairovė ir  hidrologiniai ryšiai. Parko teritorijoje 32 ežerai ir ežerėliai. Bendras jų plotas 13,65 kv. km.
Įvairiausių dydžių, ežerų susitelkimas mažoje teritorijoje lemia  teritorijos išskirtinę vizualinę vertę. Trakų ežerai Lietuvos aukštumos kraštovaizdyje išsiskiria geomorfologine įvairove bei kultūrinio kraštovaizdžio elementais. Kito tokios sudėtingos  fizinės morfologijos  ir vizualiai patrauklaus  hidrologinio komplekso Lietuvoje nėra.  Ežerai susitelkę ant aukštumos tarsi dubenyje, į ežerus neįteka nė vienas didesnis upelis. Beveik visus ežerus maitina požeminiai vandenys ir supa miškai. Todėl Trakų vandenys yra ypač švarūs. Trakų ežeryno geografinį branduolį sudaro Akmenos, Galvės, Skaisčio, Lukos, Totoriškių ir Babruko ežerų telkinys.
Parko teritorijoje yra apie 1000 ha pelkių, jos užima 12 proc. parko teritorijos. Didžiausios yra  Ilgelio pelkė, saugoma Varnikų botaniniame- zoologiniame draustinyje ir Plomėnų pelkė, Plomėnų ornitologiniame draustinyje.